Die Vorgeschichte, welche durch gezeichnete Einzelbilder erzählt wird, versetzt den Spieler in eine lebensfeindliche, dystopische Zukunft Australiens. Der Protagonist Robert Foster, als kleiner Junge der einzige Überlebende eines Helikopter-Absturzes, wird von einer Gruppe australischer Ureinwohner aufgenommen. Diese lehren ihn das Überleben im "Gap" (eine im Spiel verwendete Bezeichnung für das Outback), aber auch Technik und Kenntnisse eines Ingenieurs, mit deren Hilfe er sich "Joey" konstruiert, seinen sprechenden Roboter-Freund. Noch vor dem Start des eigentlichen Spielgeschehens wird Fosters neue Heimat jedoch durch ein Militärkommando angegriffen und dem Erdboden gleichgemacht; Foster selbst wird in die Stadt Union City verschleppt.

Einer Fehlfunktion des Helikopters und dem unmittelbar folgenden Crash, den Foster erneut als Einziger überlebt, verdankt er die nötige Handlungsfreiheit, um sich im Verlauf des Spiels von der obersten Ebene der von riesigen Industriekomplexen durchzogenen Stadt nach unten und in die Freiheit durchzuarbeiten. Auf seinem Weg gelingt es ihm auch, das Geheimnis von "LINC", der in Union City alles kontrollierenden künstlichen Intelligenz, und seine eigene Herkunft zu ergründen.