Joe Musashis Erzfeinde, die Neo Zeed, haben nach dem Kampf von Neo City heimlich mit dem Wiederaufbau einer Organisation in Japan begonnen.

Joe (Codename Shinobi) ahnt, dass der b?sartige Clan wieder aus der Versenkung aufgetaucht ist. Er muss abermals alles daran setzen, Neo Zeed zu vernichten.