Dr. Eggman (auch bekannt als Dr. Robotnik) hat eine ungew?hnliche Vogelart namens Flickies entdeckt, die sich mit Hilfe von Dimensionsringen an jeden beliebigen Ort teleportieren kann.

Nachdem der b?se Dr. Robotnik die Flickies eingefangen hat, verwandelt er sie in Roboter, die ihm bei der Suche nach den Chaos Emeralds helfen sollen. Sonic muss die Flickies retten, indem er sie aus ihrem Robotergef?ngnis befreit, und gleichzeitig verhindern, dass Dr. Robotnik die Chaos Emeralds in die Finger bekommt!