Easter Eggs in Duke 3D die das Spiel komplettieren.

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Indiana Jones
Beschreibung: Suchen Sie das große Wasserbecken in der zweiten Etage des Levels "Hotel Hell" auf; gelangen Sie gegebenenfalls mit dem Cheat DNSCOTTZ308 in diesen Level. Springen Sie in den Wasserfall des Pools, um in eine geheime Höhle zu gelangen. Drücken Sie die rote Handfläche, um rechts daneben einen Durchgang zu öffnen. Dort hängt die Leiche von Indiana Jones.

Raumschiff Enterprise
Beschreibung: Wechseln Sie mit dem Cheat DNSCOTTZ208 in den Level "Warp Factor". Passieren Sie die Tür für die gelbe Zugriffskarte. Fahren Sie das Laufband nach oben. In der oberen Etage wenden Sie sich nach rechts. Stellen Sie sich vor die etwas heller beleuchtete Wandfläche mit der grünen Schrift. Drücken Sie die Leertaste, damit sich die Tür öffnet. Stellen Sie sich in die kleine Kammer mit dem Steroid, und betätigen Sie den roten Schalter im oberen Bereich an den linken Seite. Drehen Sie sich schnell um und laufen Sie links entlang, um den Eingang am Pfeiler, der sich nur kurze Zeit öffnet, zu erwischen. Er führt zu einem Aufzug, der Sie zur Brücke des Raumschiff Enterprise bringt. Dort gelangen Sie über eine weitere Tür in den Bereitschaftsraum des Kapitäns. Bedienen Sie seinen Computer, um in den "echten" Bereitschaftsraum zu gelangen.

Doom-Spielfigur
Beschreibung: Wechseln Sie mit dem Cheat DNSCOTTZ103 in den Level Death Row. Gehen Sie in den kirchenähnlichen Raum. Stellen Sie sich vor das Schild das vor dem Podest mit dem Kreuz steht, und betätigen Sie es. Zerschießen Sie die linke Glasscheibe, und folgen Sie dem Gang. Sie gelangen zur Leiche einer Figur aus dem Spiel "Doom".

Terminator
Beschreibung: Nachdem Sie den Endgegner getötet haben, öffnen Sie auf dem gleichen Platz mit Hilfe der blauen Zugriffskarte die Tür zum Fahrstuhl. Überqueren Sie oben die Förderbänder und folgen Sie der Spur des letzten Förderbandes. Es bringt sie zu einer RPG und zu den Überresten des Terminator aus dem gleichnamigen Film.
Referenz auf ein Lied

Beschreibung: Laufen Sie im ersten Level des Spiels auf die Toilette. Über dem steht klein die Telefonnummer 867-5309 geschrieben. Das ist eine Referenz auf das Lied 867-5309/Jenny von Tommy Tutone.