Baldur's Gate: Dark Alliance 2 schließt unmittelbar an seinen Vorgänger an. Durch den Tod Eldriths wird der Onyxturm zerstört. Die drei Heldencharaktere entkommen dem einstürzenden Bauwerk, werden aber von Mordoc SeLanmere, einem mächtigen Vampir und Verbündeten Eldriths, festgesetzt. Dieser verfolgt seinerseits den Plan, den Onyxturm wiederzuerrichten und somit seine Macht auszudehnen. Eine Gruppe von fünf neuen Helden erreicht die Stadt Baldurs Tor und begibt sich von dort aus im Auftrag des Geheimbundes der Harfner auf die Spur SeLanmeres, um ihn letztlich von der Durchführung seiner Pläne abzuhalten.

Wie bereits beim Vorgänger wird auch im zweiten Teil in der Erzählung von einer gemeinsamen Mission aller Heldencharaktere ausgegangen, obwohl der Spieler nur einen einzigen Charakter steuert.