Das neue Spiel beginnt, nachdem ein Gefangenentransporter von der Straße abkommt und einen einsamen Gefangenen unfreiwillig in die Freiheit entlässt: Murphy Pendleton ist in Silent Hill gestrandet. Pendleton macht sich daran, seine neue Umgebung zu untersuchen, und auf die Spieler warten knackige Rätsel und Begegnungen mit furchterregenden Monstern und dem Schrecken einer anderen Welt. Sie können sich mit Alltagsgegenständen bewaffnen, die sie im Verlaufe ihrer Erkundungen finden – Stühle etwa oder Glasflaschen –, um sich damit gegen ihre Feinde zur Wehr zu setzen. Ob sie kämpfen oder ihr Heil lieber in der Flucht suchen, ist dabei den Spielern überlassen. Die dunkle Story, die sich im Verlaufe des Spiels entfaltet, wird insbesondere auch die Fans der ersten Silent Hill Spiele begeistern.

Die Entwickler integrierten eine Vielzahl neuer spielerischer Elemente, um ein tiefgründiges und auf psychologischer Ebene angesiedeltes Horror-Erlebnis zu schaffen. In Ergänzung zum Hauptplot gibt es etwa eine Reihe variierender Neben-Aufgaben, die sich in Abhängigkeit vom individuellen Spielverhalten ändern und weitere Einblicke in die dunklen Geheimnisse der Stadt gewähren.