Unit 13 ist eine weltweit operierende Spezialeinheit. Die Mitglieder wurden weltweit aus allen militärischen Elite Einheiten rekrutiert, um im Kampf gegen Top Terroristen, Diktatoren, Kriegsherrschern und international gesuchten Verbrechern in Krisenherden rund um den Globus zu bestehen. Der Spieler schlüpft in die Rolle von einem der sechs auswählbaren Agenten und wählt zwischen 36 Missionen auf neun unterschiedlichen Kriegsschauplätzen. Dabei verfügt jeder Agent über individuelle Spezialfähigkeiten und Ausrüstung.

Die Missionsziele variieren von verdeckten Ermittlungen über Observierungen bis hin zu Spionage und Eliminierungen. Dabei ist es jedem Spieler selbst überlassen, wie er eine Mission absolviert. Je nach Spielweise und Missionsziel kann der Spieler den passenden Agenten für seinen Stil und seine Mission wählen. Wahlweise kann auch jede Mission zu zweit im Koop-Modus angegangen und mittels Voice Chat taktisch abgestimmt werden.